Karo laivų flotilė kontroliuoja ir gina Lietuvos Respublikos teritorinę jūrą ir išskirtinę ekonominę zoną, vykdo žmonių paieškos ir gelbėjimo, taip pat taršos likvidavimo darbus Lietuvos Respublikos atsakomybės zonoje, teikia paramą Karinėms oro pajėgoms ir Specialiųjų operacijų pajėgoms, planuoja ir organizuoja kovinį rengimą.
Karo laivų flotilei vadovauja jūrų kpt. Tadas Jablonskis.